Vete a la ventana painting => buffer size. Esa es la resolución del paint buffer y lo que realmente importa.
Sabre lo otro. No entiendo muy bien como estas trabajando.
Tienes digamos un personaje compuesto de varios meshes, el cuerpo, unos pantalones y un casco de guerra. Por decir algo. La forma "correcta" de trabajar, entendiendo por correcta, como yo estoy acostumbrado a trabajar, y la que considero mas eficiente, es cada uno de esos meshes deberían ocupar un espacio de uv's distinto. Tantos como necesites.
Despise, puede mercera todo tu personaje, importarlo en Mari y ya esta. Todas tus udims estarán perfectamente organizadas, y con crear un canal de textura para todo el personaje podrás trabajar todos los objetos a la vez.
Despues a la hora de exportar solo tendrás que exportarlo todo con un solo click.
Si haces lo que creo que estas haciendo, es decir, uvs solapadas en los mismos espacios de uvs, tendrás que importar los obj de forma independiente, crear channels para cada uno de ellos, y exportar las texturas para cada uno de ellos. Un poco engorroso.
La forma que te comento es sin duda como creo que deberías de hacerlo. Así es como se trabaja en Mari