No utilizo sitoa, pero creo en las opciones del output puedes indicarle que meta todo en un solo .exr o no.
De todas formas, porque quieres tener cientos de archivos si puedes tener solo unos pocos?
La informacion es la misma, solo cambia el modo de hacer output de la informacion. Creo que es mas inteligente y ordenado dejarlo todo en un solo .exr no? Sabes que los channels los tienes todos igualmente por separado dentro del mismo .exr verdad?