vale ahora ya te entiendo, si que se puede hacer
coge el objeto que quieres pintar, selecciona el objeto, le asignas el color at vertices , luego seleccionas los puntos sobre los que quieres pintar , o bien , sobre los que no quieres que se pinte, presionas ctrl+w te saldra el brush properties.
en la pestaña de vertex colors, hacia la mitad, pone selection, alli elige (por ejemplo) la opcion use, le das a shift+w y activas el pintar , pero ahora solo podras pintar en los puntos que has seleccionado, gracias a la opcion de use del selection.
espero te quede claro, si no , ya pondre alguna iamgen.