"Freeze transform" y "Freeze" no son lo mismo.
Freezear los transforms solo los resetea a 0,0,0 (centro del mundo) y 1,1,1 de escalado.
En la parte de abajo a la derecha veras dos botones... "Freeze M[odeling]" y "Freeze". Ese freeze es el que te interesa. El "Freeze M" tiene la ventaja de que solo freezea lo que tengas en el modeling operator stack. (Depende de si estabas en "Modeling construction mode" cuando hicistes lo que fuese.)