cuando la aplicaba en edges salían mas de los que necesitaba y pues no se que hacer
Funciona asi. No es nada raro.
Es que en un cubo, no puedes extruir un edge asi como dices porque te daria un poly doble y eso es geometria mala.
Si quitas el poly de arriba y extruyes un edge de su borde, te dejara sin aniadir polys, ya que no te crearia un poly doble.
XSI crea los polys por intentar no crear geometria ilegal.