Típico problema.
Pues bien, si es lo que me imagino, le recomiendo que en la versión 'poligonal'(sin smooth), DE la forma que busca, ya sea personaje u objeto, mueva los puntos, de tal manera que no afecten a los demás vertices o se monten, etc; siempre tratando de que en la versión poligonal obtenga casi la forma de lo que busca; al final aplique el smooth, lo digo porque igual terminará modificando puntos pero ya no muchos; habran pocos 'bultos'..etc