1-. Ni mejor ni peor. A la hora de hacer animación facial existen ambos métodos (y otros más), para que el usuario pueda elegir aquél que más se ajuste a su manera de hacer las cosas. No está de más que aprendas ambas técnicas, pero a no mucho tardar adoptarás una de ellas como favorita. A fín de cuentas, las dos técnicas hacen lo mismo solo que de diferentes maneras, pero lo que sí te digo es que el Shape Manager es una potente herramienta pensada expresamente para el tema que nos ocupa, por lo que personalmente, casi nunca he renunciado a él desde que salió.
2-. Si optas por el método de "select shape key...", de las copias que haces, únicamente te interesa la información referente a la posición de cada punto en el espacio, así que si esas copias tuvieran UV´s, mapa de tangentes, envelopes o materiales, puedes deshacerte de ellos tranquilamente y contribuir así a que tu escena no pese tanto. A la hora de animar, lógicamente te van a estorbar todas esas copias, así que yo optaría por ocultarlas -no eliminarlas por si después te hiciera falta hacer algún cambio-, mediante crear un grupo en el explorer y ocultar su visibilidad tanto en visores como en render.
No sé si contesto así a tus dudas, pero espero haberte ayudado en algo.
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