Pideles que organicen (que deberían de tenerlo bien organizado, pero ya se sabe como se ha de trabajar en este pais) todo en capas y por piezas, y exporten el .obj activando la opción exportar nombres de capas o algo asi, y desactivando cualquier opción de merge meshes.
Sino, no te queda otra ir separando manualmente los poligonos.
Con lo que tienes una posibilidad, sería abrir el stp en algun programa de CAD paramétrico, o en el Deep Exploration, y te abrirá los objetos tal como lo tengan en rhino. Con suerte si el archivo de rhino lo tienen bien organizado podrás exportarlo con las partes separadas.