Y si en lugar de hacerlo con esferas, lo haces con nulls, y cada null es padre de una esfera. Una vez que tengas la animación, ploteas los nulls y luego ves como te quedan las esferas.
acabo de probar y no habia reparado que no se puede hacer obviamente un merge de los nulos. No se me ocurre de que otro modo hacerlo si es con nulos.