Estás equivocado, los anaglifos funcionan bajo el mismo principio que la estereoscopia por polarización. Son dos imágenes, una por cada ojo. En el caso de hacerlo con un software 3d, tirarías dos renders, uno por cámara. Luego, para mezclarlos, puedes hacerlo lanzando dos imágenes desde dos fuentes distintas con distinto ángulo de polarización o mezclar las dos imágenes en una sola de la siguiente forma: el canal rojo de la imagen viene de la cámara del ojo izquierdo, y el verde y el azul de la cámara del ojo derecho. De esa manera, con el filtro rojo solo ves la imagen de la cámara izquierda, y con el cian de la derecha.
El efecto 3d es en principio el mismo, aunque es innegable que la imagen que percibes está muy tintada. Aunque hay algunos métodos para optimizar los anaglifos y que ese tintado sea menos evidente, pero siempre está ahí. Está claro que para un producto final el anaglifo no sirve, pero para experimentar y hacer pruebas es más que suficiente, y no necesitas un gasto extra, vale con cualquier monitor. En cambio, de la otra manera necesitas una de estas dos cosas:
-Un monitor de 100-120 Hz con unas shutter glasses, y un emisor de infrarojos.
-Un monitor polarizado, que por lo que he leído son básicamente un "sandwitch" de dos TFT que emiten cada uno una imagen polarizada en uno u otro ángulo (45 y 135 grados, me suena).
Hay otros métodos aún más extravagantes, con espejos y no sé qué chorradas más, pero los veo muy complicados. En cualquier caso insisto en que si se trata de hacer experimentos, con unas gafas anaglíficas basta.