Mas o menos.
El problema del modo Shape Modeling es que al tener un Envelope encima (en Animation), lo que tu ves es el resultado del Shape Modeling + Animation y entonces si has movido un hueso o algo, al mover puntos se mueven raros.
Sin embargo, al usar Secondary Shape Modeling no se mueven raro porque no tienen que ser afectados por nada, ya que viven por encima del Envelope en Animation.
Al guardar el shape, sea en Shape Modeling o en Secondary Shape Modeling, no te guarda el envelope como un shape ya que el envelope esta en ninguno de los dos operator stacks. La unica diferencia es que Secondary Shape permite deformar para crear un shape sin pelearte con el Envelope.
Se entiende mejor?