En principio, pudiera ser que por algún motivo, la ruta del archivo se haya modificado. También podría ser que la escena se haya corrompido. Pero por lo que comentas de Windows haciendo cosas demasiado rara incluso para él, quizá se te haya metido un virus o se te haya desestabilizado el sistema... Pero es que pueden ser multitud de cosas. Prueba a exportar importar a escena nueva, merge a escena nueva, borrar e importar otra vez el archivo, formatear wimdows, volver a un punto de restauración anterior, no sé... Veamos si podemos acotar el problema.