(me respondo a mi mismo =/)
El problema está en el panel del Shape Manager, al seleccionar el shape se van a "view > affected points" eso deselecciona los puntos verdes; sin embargo en mi caso en particular; eso no funcionó.
Mi rig estaba creado con Gear, y era un modelo referenciado; lo he convertido en local, le eliminado todas sus proyecciones, gear, materiales; absolutamente todo y lo he dejado como un geometría sin ningún parámetro y con freeze; y aún así seguían apareciendo los puntos. Asumiré es un problema que queda así por el "Delta" (he de utilizar el script de Alanf para limpiar deltas a futuro) o del viewport; que por cierto los puntos verdes aparecen en todos ellos.
La solución rápida a mi problema, ha sido cargar un nueva resolución de alta de este personajillo; y los puntos se han ido.
Y eso gente; ojalá a alguien le sirva; y si saben la respuesta real al problema no duden en postearla; ayudaría mucho.
Saludos!