Es una buena práctica, de esa forma puedes montar/desmontar el rig de deformación sobre el rig de animación en cualquier momento (eso te permite hacer cambios en el rig de animación y/o de deformación de forma independiente durante la producción, es mucho más limpio y rápido)... en definitiva de esa forma está todo mucho más encapsulado
Imagina que tienes muuuuchos ficheros en tu PC, mp3 por ejemplo... ¿es mejor agruparlos en subdirectorios (por artista/album) o dejarlos juntos en el mismo directorio? ¿organizar los ficheros es así de tedioso? ¿merece la pena?