Bueno, hay una opción, q tambien sirve para el render normal y es añadir un output shader al pase en cuestión: en la barra de render/pass Edit current pass/output shaders y añadir un 2d-background color, eligiendo el color que quieras.
He estado mirando en el tema de los colores de la interfaz, pero parece que sólo sirve para cambiar el fondo en pantalla, no en un render o en un render region.