Más o menos entiendo lo que dices, y es casi como yo lo hacía en Bren. Aunque separabamos la escena en set y personajes, muchas de las luces que usábamos en el set las necesitábamos para los personajes. Pero por lo general sólo eran luces fuertes, es decir, el sol, o alguna luz que provenía de una vela o fuente de luz. Luces que se usaban en el set como relleno para que una esquina no estuviese muy oscura, por ejemplo, no las importábamos a la escena del personaje.
Básicamente, si tienes las luces principales definidas, es decir, si sabes donde tienen que estar colocadas más o menos, lo único que debes iluminar es el relleno del personaje, y será esta ilumación de relleno la que debes emparentar (constraint de position) al personaje.
No puedes pretender que te queden bonitos todos los frames del plano, así que busca uno que te parezca que tendrá una buena iluminación, y trabaja en él.