Lo único que yo sé de Maya es que nuestros UpVectors se llaman PoleVectors XDDD
Aunque casi todos los animadores mayeros a los que preguntes te van a decir que prefieren Maya, lo cierto es que apenas existen diferencias recalcables entre XSI y Maya a la hora de animar.
Lo que más usas cuando animas es el FCurve Editor (para mover y editar curvas) y el DopeSheet (para editar keys), y ambos softwares lo tienen, así que decantarte por uno o por otro no te va a mejorar la calidad de vida ni te va a proporcionar un trabajo en Pixar.
Como opinión personal prefiero XSI a muerte; su filosofía, su interface, su workflow.... hasta me he llegado a acostumbrar tanto a los sinópticos que no soporto la idea de que Maya no tenga. (Se pueden hacer, pero no es un proceso que Maya te facilite precisamente).
En definitiva, animar, vas a animar igual con uno que con otro, pero respecto a cuál de los dos softwares te facilita mejor la tarea dependerá de tu gusto personal. En cuanto a diferencias, habría que ser muy específico para citar las que merecieran la pena.