..el problema te debe venir de que el passe de sombras te crea un override en la partición de los "Background objects", o sea, a todos los de la escena les aplica un único material, descartando así los sprites que tengas para las hojas y demás....
Supongo que tendrás que retocar un poco ese passe: hacerle nuevas particiones para cada objeto que utilice un diferente mapa que controle la transparencia de los sprites, y personalizar tb para cada una de ellas el material del override, con su particular mapa del sprite.
...eso si....lo que no tengo ni idea es con qué nodos hacerlo....pero cuando lo hagas nos lo cuentas..!!