Vale, al echar un ojo a tus explorer, ya he visto cual era mi problema. Estaba en la forma de crear los RefPlanes. Lo que yo hacía era seleccionar un objeto o componente, ir a la derecha, y donde pone ref, debajo de la información SRT, hacía Click Derecho y creaba un refPlane, pero es uno de esos que no se quedan registrados y que puedes cambiar continuamente, pero que no se puede borrar (al mismo tiempo he descubierto que hay 2 refPlanes, Permanent, que se borra, y Transient, que se cambia).
Lo que yo tenía que hacer era:
1- Seleccionar objeto o componente.
2- En la barra de la derecha, ABRIR EL MENÚ TRANSFORM>Reference planes>Create Reference plane.
Con esto luego SÍ aparece en el explorer y sí que lo puedo borrar.
Muchas Gracias, Photon!