Qué tipo de plot haces? No es lo mismo plot all transforms que plot all keyable parameters por ejemplo. Si tu rig tiene constrains y expresiones de por medio podría ser una de las causas posibles. Mira también que no tengas layers de animación, clips en el Mixer, etc.
Cuando lo tengas todo asegurado haz varios plots: all transforms, constrained tranforms (y cuando te pregunte eliminar los constrains le dices que sí), keyable parameters, etc.
Si aun así no da resultado, vueve a abrir la escena de nuevo y plotear hueso a hueso hasta dar con los culpables que provocan que todo falle y mírate cómo están montados (por ejemplo, si están comandados por algún null o implícito oculto que se te pasó por alto y no seleccionaste para plotear. No sé.... investiga