Sin muchas ganas de entrar en explicaciones fundamentadas en argumentos ... te haré una analogía rápida y concisa, y obviamente totalmente personal, es mi modo de ver.
After Effects es para composición y vfx lo que 3DS Max para animación 3D. Una herramienta para quienes no quieren invertir mucho tiempo en hacer cosas, y en las cuales casi siempre existe "ese" plugin que hace aquello que buscabas. Naturalmente ese procedimiento es, a mi modo de ver bastante "amater" y en la cual el aporte humano queda en entredicho.
Nuke para composición y vfx es lo que Houdini en animación 3D. Sobran comentarios. Simplemente diré que yo he usado durante años Combustion, y desde hace unos pocos, uso Fusion a diario para retoque de imagenes, y lo que he trasteado con Nuke le veo suficiente potencial como para a pesar de tener un manejo más técnico (especialmente para corrección de color) en primera instancia que Fusion, para ir poco a poco migrando por así decirlo.
No en vano la gran mayoría de productoras importantes o destacadas han ido o estan progresivamente reduciendo puestos de Flame por Nuke (por motivos de costes claro). Como ya pasó hace años con Shake, aunque este no ofrecía la posibilidad real de reemplazo de Flame, y servia como complemento para abaratar tareas de composición, rotoscopia, etc.
Como nota, aunque suene a tópico, After Effects es en el área de los motion graphics, donde tiene su sitio, particularmente por lo que comentaba inicialmente. Trabajar sobre linea de tiempo y capas, unido a plugins que hacen esto y aquello de forma directa, es indicado para resolver rápido (y barato) composiciones de graficos que no suelen tener las exigencias de una secuencia de cine o un plano de spot publicitario.