Yo lo hago de la siguiente manera:
-Dejo una escena sin animar nada; con todo preparadito y la llamo Neutral Scene.
-Después, cuando voy a animar una toma en concreto, abro la Neutral Scene y sitúo los objetos y al personaje como corresponde para esa toma y la guardo como "toma X" (la que sea)
-Y así con todas las tomas. Siempre que anime un nuevo plano, abro la Neutral Scene y la guardo con el nombre del plano en concreto.
-Cuando he rendeado todas las tomas y hecho su postproducción, uso un programa como Premiere o Ulead Media Studio para montar y añadir sonido.
Cosas a tener en cuenta:
-Tienes que mantener la coherencia. Por ejemplo, si en el plano 5 aparece un objeto tumbado, cuando hagas el 6, 7, 8, etc, acuérdate de que ese objeto ha de estar tumbado.
-La iluminación debe ser la misma para todas las tomas, así que no retoques una luz en una toma y dejes el resto como estaban.
-Recuerda que cuando hagas el montaje final, todas las tomas se verán seguidas. Lo que retocaste en un plano puede cantar en el siguiente al verlo seguido.
No digo que mi manera de hacerlo sea el Santo Grial, pero a mí me va muy bien.