bueno pues ami me parece hasta un poco logico el problema, ya que cuando tu mergeas, practicamente estas destruyendo las Uvs, por eso se te veria raros los desplazamientos, me temo que en tu caso la solucion no habria sido levarlo a Zbrush por partes,.. la solucion seria trabajarlo por partes que es otra cosa..
me refiero a que llevas tu modelo entero, y en zbrush si quieres trabajar solo una parte lo que haces es seloccionar la parte manteniendo oprimido Ctrl+shift haces la seleccion, como veras asi solo trabajas sobre la parte seleccionada,.. y para volver a ver el resto con Ctrl+Shift sostenido daz click afuera,...
bueno lo que si habria que llevar a parte son cosas como la ropa o accesorios como lo dice maik, ya que estas no requieren ser mergueadas.
saludos!