Hola, FlxSi.
Si tienes la versión 5.0 en adelante, deja de leer esto y busca información acerca del Shape Manager (te recomiendo que veas los videos de
www.softimage.com)
Si trabajas con la 4.2 o anteriores lo tienes un poco más trabajoso.
Naturalmente cada cual anima shapes como le han enseñado o como mejor le va, por lo que existen varios métodos.
Lo que comentas de usar el Animation Mixer sería una manera.
La que yo uso y recomiendo a quien no disponga del shape manager (y de hecho es la manera que más se le parece y por tanto, con la que mejor te adaptarás cuando dispongas de él), es crear Custom Parameters para controlar el peso de cada shape.
Es decir, te creas el Custom Parameter y dentro de él vas creando los sliders (o custom parameter sets), correspondientes a cada shape. De esta manera, cuando animes shapes, tendrás todos los controles en un mismo cuadro y sólo tendrás que animar los sliders.