pues no se, yo antes preparaba todos mis pases configuraba el render y arrastraba la escena.scn encima del icono y ya está!
no se que pasa ahora.
De todas formas lo he solucionado así:
@echo off
call C:\Softimage\XSI_6.0\Application\bin\setenv.bat
call C:\Softimage\XSI_6.0\Application\bin\xsibatch.exe -r -scene C:\databases\rooftopAnimacion\Scenes\secuencia1.scn -pass "all" -skip on