Los sistemas de arranque tanto de Linux como de Windows se pueden reinstalar arrancando desde el cd de instalación por ejemplo, y volver a instalarlos donde se deseen.
No tiene ninguna relación por así decirlo con el sistema operativo. Tanto es así, que se pueden tener varios s.o instalados y ningun sistema de arranque en el disco duros, y tenerlos en otros soportes que se arrancará desde ellos para iniciar uno u otro s.o.
En el caso de Windows forzosamente necesita tener instalado el arranque en el MBR por lo que si usas Linux por ejemplo y quieres usar el NT os loader (m$ penaloader) a la fuerza el arranque de windows ha de estar en la primera partición del primer disco (0,0) (Windows puede estar en cualquier otro disco/particion, no confundir).
Si prefieres usar lilo o grub como gestores de arranque, puedes instalar el arranque de linux y de windows donde te venga en gana. Entonces lo importante es la configuración de Lilo/Grub, el cual no tiene ningún problema en hacer arrancar a windows con desde cualquier partición.
Especifica que caso te encuentras sumergido.
Para restaurar el arranque de Windows, arrancas la consola de recuperación, si la instalaste tal vez puedas iniciar pulsando F8 en la carga del ntloader, sino desde el CD de instalación, la puedes iniciar.
Una vez llegues al prompt, los comandos fixmbr y fixboot sirven para lo que bien describen sus nombres.
Nota que sobreescribirán cualquier arranque que haya en hd 0,0. Si tienes p.e Grub ahí, tendrás que restaurar este después e instalarlo en otro hd/particion. Sino siempre sobrrescribirás el uno a otro y entrarás en bucle infinito y llegarás a colgarte por tiempo indefinido xD