Los puntos, tanto si se trata de curva CVs como Bezier, son puntos de control o manipuladores respectivamente, para la curva. Siempre va a usar los knots como puntos en operaciones como loft.
Alinea los knots con el curve > reparametrize lo más que puedas, y tambien pasale un curve > clean eliminado todos los knots psoibles con la tolerancia que te puedas permitir para perder la forma de origne de la curva.
Por otro lado si alineas los puntos de controls de la curva, también afectará a los knots.
Y asegurate que todas las curvas que intervengan en el loft tienen el mismo número de puntos.