A ver, creo que para contestar todas tus dudas de un plumazo, primero debes tener claro para qué sirve Final Gathering.
FG lo que hace es calcular el rebote de los fotones en los objetos y teñir la luz de su mismo color, tal como sucede en la vida real.
Por tanto, si vas a tirar un render sin color (¿?) ¿qué utilidad puede tener usar FG?
Otro gallo cantaría si tirases un render a color y luego lo desaturaras por que quieras conseguir un efecto de película antigua o de foto vieja.
Por tanto, sabiendo que FG afecta al color, no hace falta decir que sólo te sirve activarlo en los pases de Beauty y olvidarte de él en Shadows, Ambient Occlusions, Depths, etc.
Respecto a organizarte en el tema de pases, creo que te puede servir de ayuda el siguiente videotutorial. Es para la versión 5, pero la duda que planteas hace que te sea útil incluso aunque usaras XSI v9.5
http://www.xsiforum.com/forum/index.php/topic,2578.0.html