Jordi, ahora mismo yo no consigo que me haga la simulacion para el passe de occlusion, me dice que "the files does not have the auto mapping of the render target enabled". Si me explicas como haces, para que behavior the cree los archivos Output, te lo agradeceria.
Pero a lo que iba yo, si logras hacer lo que yo no puedo, que es tener en dos carpetas de output, los archivos .mi2, .mrd, y las imagenes con el mapping, yo me pregunto: ¿Porque no sobreescribes todos esos archivos .mi2, y .mrd que supongo que tienen las simulaciones, como dices tu diferentes?. Al copiarlos, y tener los mismos archivos en las dos carpetas, no tendrás la misma simulacion?, y al tener dos mapas diferentes, te hará el render con sus mapas correspondientes.
Todo esto es en resumen que copies los archivos de una simulacion en las demás carpetas, para ver si en realidad te hace el render de todos los passes y con la misma silumacion