Te recomiendo que uses video comprimido solo como exportado final. Para cualquier trabajo con video, siempre sin compresión. No cargues a la CPU de trabajo extra.
Mejor aun, exporta descomprimido y lo comprimes para internet aparte, pero siempre tienes a mano la version descomprimida por si las moscas.
Por cierto, mi secuencia final en .tga de mi reel de 2006 ocupaba 5gb, pero en .rar a maxima compresion acabo en un archivo de ~500mb.