No he hecho mucho rig en XSI, pero por lo que he visto el Shape Manager sirve más que nada para organizarte fácilmente los shapes. Además, si usas el shape manager no te hace falta duplicar el objeto para hacer el shape. El rig de la cara serían más bien los controles que tú preparas para hacerla manejable, pero tendrás que hacerlo tanto si usas el shape manager como si usas shapes convencionales.
Por ejemplo, podrías hacerte una curva con forma de ceja, y enlazarías el movimiento en 'Y' de esa curva a la intensidad del shape de subir cejas. Así en Y=0, tendrías el shape desactivado, pero al subir la curva hasta Y=5, tendrías el shape al máximo. Puedes enlazar una curva con varios shapes. Por ejemplo, yo hago una curva que controla directamente todos los movimientos de la comisura del labio: Si llevo esa curva hacia arriba, se activa el shape comisura arriba, si la llevo hacia abajo, el de comisura abajo, lo mismo con la izquierda y la derecha, e incluso el escalado lo uso para abrir o cerrar las comisuras.
Sobre libros de animación, los típicos son el Animator's Survival Kit y el Illusion of Life. Yo tengo el Animator's Survival Kit y es la pera, y se supone que esta tarde me llega el Illusion of Life, que se lo ví a una amiga hace poco y me pareció muy bueno.