OpenGL solo muestra una capa de textura (esto no sé si en la última versión ya no es así). En cualquier caso la visualización en un visor 3D, depende de la programación de su motor gráfico (en este caso OpengGL) y del soporte que tu grafica/drivers implemente.
De igual modo, aunque el motor gráfico este capacitado para un multilayered texture o con alpha texture, la ayuda que esto brinda es muy subjetiva. Donde se hace necesario es en el mundo de los gráficos en tiempo real. Para representación, en mi opinión... me es indiferente con una herramienta como el Render Region
Para controlar que textura o capa de textura quieres que te muestre en el visor, en las propiedades del material (render tree, click en la E del material), en el tab openGL, puedes seleccionar esto.