Primer problema:
Te recomiendo que hagas lo siguiente:
1. Selecciona tu mesh, dale a Ctrl+e - se abrira el Weight Editor
2. Dale a File->Save dentro de este Weight Editor para guardar tus weights por alguna parte.
3. Si no lo tienes ya, create un grupo de tus deformadores (huesos) que tu envelope esta usando.
4. Bajo Animate, ve a Envelope->Remove Envelope
5. Selecciona el primer hueso de cada cadena y dale a Skeleton->Align Root to First Bone y usa Set Neutral Pose para el resto de huesos.
6. Selecciona todo a lo bestia y vete a Envelope->Set Reference Poses.
7. Envelope->Set Envelope, selecciona tu grupo de antes y haz click derecho.
8. Con el mesh seleccionado, dale a Ctrl+e y en File->Load puedes cargar tus weights de antes.
Para tu segundo problema:
Es posible y a juzgar por el nombre del parameter, bastante probable, que ese custom parameter en realidad sea un "proxy parameter". Son casi iguales y visualmente identicos.
Seleccionalo haciendo click en su nombre; se pondra amarillo. Vete a Remove Proxy Parameter en vez de Remove Custom Parameter.