El material comprimido, lo descomprimes para trabajar con él. Durante todo el proceso, incluida la salida del montaje final, sin compresión también. Luego siempre dispones de ese original, para sacar versiones cuantas quieras, en formatos diversos, y usando cuantos codecs quieras.
Puedes usar un encoder como (Discreet) Cleaner, u otros, para las tareas de descomprimir/comprimir.