Antes, en otras versiones, cuando recuperabas una escena, está se corrompía, y la única forma de trabajar con ella, era como tu dices, haciendo merge.
Después de guardar, y al abrirla de nuevo, se cierra XSI. La única forma de abrirla es con el recover??.Es decir, si le dices que no quieres recuperarla, y vuelves al menu open, que ocurre, peta XSI???