Bien, no sé si esto te servirá de ayuda, pero no he podido evitar dejar volar mi imaginación, y me gustaría compartir lo que se ha ocurrido.
Con ese mapa (tan currado) que has hecho, yo haría los siguientes niveles:
1- El que estás haciendo del edificio en ruinas (más adelante explico la motivación). No puede acceder a las grutas desde ahí, la entrada está bloqueada (desprendimientos, terremotos, demasiado bichos...)
2- El rio: Toma una lancha desde la zona cercana del rio y lo recorre hasta la zona de la ciudad más alejada del mar, por fuera de la ciudad. Es el camino más largo pero menos peligroso.
3- Alcantarillas: Pasa por un acceso subterraneo desde el nucleo grande de la ciudad a la pequeña isla de ciudad situada más arriba, desde donde SI puede acceder a las
4- Grutas: Pues eso, las grutas.
5- Bunker: pues el bunker.
6- Laboratorio: más bichos, y todo para encontrar que la chica ha escapado por su cuenta (por cierto, la chica necesitará un nombre antes o despues)
7- Paramo: fase en moto tratando de alcanzar a la chica. En esta fase, Cornelius sufre un accidente de moto (bueno, en realidad le explota una bomba muy cerca, o se quema los ojos con el arma...) y pierde la visión.
8- Ciudad: En esta fase controlas a la chica que tiene que guiar a Cornelius hasta lugar seguro mientras mata bichos.
9- Vuelta a casa: Atravesar la ciudad a tiros hasta casa. Fin.
La primera fase es una toma de contacto del jugador con el juego, no debe ser demasiado difícil y debe englobar lo que básicamente va a se el juego más adelante, para que el jugador se acostumbre al manejo del mismo.
Es bueno proporcionarle "items" que luego vaya a usar, tanto para que los pruebe como para que se equipe para luego (botiquines, armas especiales,etc...) sin los cuales el juego es casi imposible.
En el contexto de la historia, Cornelius y la chica son depredadores, es decir, toman sin reponer. Entran a un edificio, cogen lo que necesitan y se van. No cultivan ni crian nada. Cuando la chica "desaparece" y Cornelius decide ir a buscarla, hace lo que hace siempre, coger lo que necesita y lo coge de donde siempre, de un edificio en ruinas. Esa es su motivación al principio y permite dar esa práctica y ese equipamiento al jugador.
A la hora de crear un videojuego, según mi opinión, tampoco hay que sobrevalorar la "lógica", si no, en los Resident Evil no habría una batería de cohe escondida en una estatua ni las puertas se abrirían poniedo gemas en una estatua. Siguiendo la lógica, por ejemplo, ese rio sería imposible (o poco probable), pero ¿que más da?
Hala, ya me he desahogado! Espero que mi intromisión no te moleste.