Ok, ya veo, donde yo creía que había un punto seleccionado, hay dos, esto explica muchas cosas. Entonces, digamos que quieres unir dos lineas "verticales".
En tu caso, yo, en lugar de unir los vertices, lo que haría sería seleccionar las aristas en vertical del mismo modo que te había explicado (o también con la selección de elementos activada -ya sean vertices, aristas o caras- Alt+Mclick, que selecciona en loop) y eliminarlas, es lo más rápido. Haz un buen zoom, hasta que se separen lo suficiente para atinar en una de ellas y, como sólo necesitas una o dos para que funcione esta herramienta de selección, es muy rápido.
Si aún así quieres unir los puntos, me temo que, debido a la naturaleza de la forma que has modelado, no tienes mejor opción que usar la Tweak Tool (M), activando el punto -el imán te sale activado por defecto, dejalo así-. En tu caso será bastante rápido, ya que esta herramienta une los dos vertices más proximos nada más pinchar sobre uno, así que es casi automático, pero lo tienes que hacer uno por uno (no son tantos como parecen, creeme).
De todos modos, la forma que has creado es bastante sencilla, y yo me plantearía la posibilidad de volver a empezarla de cero, con menos malla. Personalmente me parece que es más sencillo añadir malla que quitar, pero eso ya es cosa mía.
Lamento no ser de más ayuda, si se te ocurre otra cosa, no te cortes!