No hace falta convertir el escene root en un modelo y exportar como "model", se trata de exportar un archivo que contiene la escena tal y como está, lo que en principio te asegura buenos resultados. Puedes exportar en formato "dotXSI" o "FBX", que tambien sirve para 3DMax, y se abrirá una escena tal y como la tienes en XSI (sobre todo si la importas a XSI XD).
Pero.
Siempre hay un pero -maldita sea-.
Resulta que los RefModels te los conviertes en modelos corrientes
, por lo que creo que esta solución no te sirve.
De todos modos, si lo ves conveniente, haz alguna prueba rápida, a ver si te da problemas con otras cosas (salvo esto, que lo acabo de descubrir ahora, a mi me va bien con todo), a lo mejor puedes encontrar un flujo de trabajo en el que te no te afecte.
Si se me ocurre otra cosa, posteo.
Suerte!