Dios, mira a ver si esto te ayuda:
Importa tu modelo y entra en modo "edit". A partir de ahora me referiré al modelo como "tool", y si lo tienes en distintos cachos, "Subtool", que es más o menos lenguaje ZBrush.
1- Selecciona el tool o el subtool que te interese pintar.
2- Cambiale el material a uno que te guste.
3- Selecciona un color molón (que va a ser, por ahora, el color de base).
4- Color>Fill Object (ahora tu tool o subtool es de un color)
5- Elige un pincel (brush) -pa pruebas, el standar recomiendo-
6- Elige un Stroke (pa pruebas, el freehand).
7- Elige un alpha (pa pruebas, ninguno).
Asegurate de estar en RGB, no en Material ni en MRGB (al menos, por ahora).
8- Pinta a tu gusto. Es este estadio de acontecimientos, deberías poder colorear los polígonos de tu tool (o modelado).
9- Cuando acabes, te aconsejo que pongas de color de fondo el negro (es decir, que elijas como si fueras a pintar en negro) y vayas a Texture>New texture y crees una textura nueva. Nada parece que haya ocurrido (salvo que puede que tu modelado ahora se vea negro entero). De momento, todo va bien.
10- A la derecha, en el panel oculto, debes tener la opción "texture", dentro de las opciones de tool. Con la tool o subtool seleccionada, pincha en "col>tex", con lo que convertirá el color de los polígonos en una textura que podrás exportar.
Espero que te sea útil. Si no me he explicado bien en algún punto, por favor, no dudes en insistir.