Cinema4D tiene un modulo con herramientas especialmente pensadas para hacer mograph que probablemente sean mas útiles e inmediatas en tu caso.
Houdini es un software sin igual, pero es bastante técnico y para branding y los tiempos de desarrollo que se manejan yo creo que C4D o incluso soft más tradicionales como un softimage/maya/3dsmax es ir a tiro fijo.
Con Softimage e ICE tienes una mezcla interesante entre proceduralismo amistoso (menos potente que houdini pero con acceso a informacion mucho más intuitivo para los no-técnicos) y las herramientas tradicionales de los softwares 3D, no lo veo tan mal después de todo... pero si quieres probar ahí están los trial de todos para que los veas por ti mismo