Si, claro, porque alteras la posición de los vertices del objeto padre. Entendí que querías eso, pero veo que necesitas variación. En ese caso, sí, la solución pasa por editar el compound TranformCopy ID, o en cualquier caso modificar la construcción del ICE del Polymesh Duplicator.
No sé si la versión 1.1, trae algo que sirva para ello, porque he probado la anterior, puesto que la v1.1 no nhe podido instalarla correctamente.
Por aquí, la documentación se llama Alanf/Cesar