Desde las opciones del proyecto puedes cambiar la visualización de la línea de tiempo, entre los habituales timecodes y frames.
En cuanto a reducir ruido, para imagen estática yo no he encontrado ninguno mejor que el Neat Image Pro, que también dispone de plug-in para Photoshop. Existe el Neat Image Video, pero no lo he llegado a probar.
Para After Effects, entre los muchos plugins que hay de reducción de ruido, puedes mirar el De:noise de la Re:vision, aunque los plugins de esta casa suelen ser costosos en tiempo de cálculo.
Yo uso el DeNoise y el DeGrain que vienen con el Nuke ya que integra parte de los Furnace, y son bastante potentes.
PNG es un formato con compresión además de reordenación, y aunque su algoritmo trabaja con prioridad a mantener información, algo siempre va a perder. Si vas a hacer, por ejemplo, corrección de color agresiva, yo usaría .exr a 32bit.