El primer es debido a que tienes un overlapping en las uvs, no hay otra.
El segundo, Mari no es infinito, cuando tienes muchas capas tu tarjeta de memoria llega al limite y pixela el resultado.
Puedes cachear las capas para que se queden congeladas, o simplemente colapsarlas. Si las colapsas, obviamente ya no las tienes mas, y si las cacheas, siempre las puedes uncachear y volver a tener acceso a las capas en el futuro.
Lo mas inteligente, duplica el shader, y colapsa las capas, asi tienes un shader limpio con solo una capa, y el shader viejo con todas las capas, por si acaso.