El formato fbx es propiedad de Autodicks. El importador/exportador de fbx de Blender está desarrollado por gurús mediante ingeniería inversa, pero creo que tiene sus cosillas en determinados casos.
No obstante, ten algunas consideraciones en cuenta, solo geometría, con o sin hard edges, normales, uv, animación, etc..
También si es fbx en binario o en ascii.