Pues yo siempre he usado el Shape Manager desde que salió y hasta ahora no me había dado problemas.
Creo que de lo que comentas, lo que hice fue añadir una nueva shape (que por defecto tiene un nombre extraño y largo), y a partir de ahí fue cuando me empezó a aparecer el Action Connection Resolution.
Lo bueno es que en una escena nueva he creado una simple esfera, le he hecho 4 shapes, las he animado, he vuelto a añadir una nueva shape y no me ha dado problemas.
Creo que el rollo tiene que estar en usar el Action Connection Resolution para asignar algo usando el clip del Animation Mixer.