Muchas de esas dudas he tenido yo, pero bueno, en mi curro para el 3D, se utilizan softwares "sofisticados" y de alto costo.
Son pocos programas que se utilizan en el medio ya sea en el Cine/TV, casi casi que "secretos"(pero para google nada lo es), no existen trials en sus páginas, debes solicitar demos directamente(que lo veo innecesario).
Estos programas lo que hacen es pedirte que ingreses por canales individuales toda la secuencia de imágenes, de Izq, y Der; luego el programa arroja un folder con archivos que varios servidores en el cine pueden leer.
No he manejado la parte de post, eso lo hace otro departamento, pero estoy casi seguro que el post va mucho antes de enviar las secuencias de imágenes para que el software te convierta a video 3D. Pero eso hablando de cine, en tv, bien puede tirar de los canales, moverlos, sacar un render en After Effects, y listo.