actualmente trabajamos en un equipo de entre cuatro y siete personas entre animacion y compo; para comerciales.
en cuanto al 3d, no lo llevamos en paralelo, salvo contadas ocaciones.
como son proyectos cortos, lo q hacemos es preparar los modelos y luego cada uno lleva una escena; luego superviso las pasadas de render y la iluminacion y se compone.
En caso q haya q actualizar modelos, con la misma esqueletica o parecida, hemos echo scripts para eso.
Bastante lineal la cosa.
yo con los modelos referenciados no he tenido buena experiencia; pero por ahi dicen q le ha rulado.
Diria q depende mucho q tipo de produccion encares para ver como te conviene distribuir las tareas.
En cuanto al caos de archivos,
puede pasar, pero lo mejor es hacer un manual normativo q indique como nombrar las escenas, las versiones, donde ponerlas, como respetar la estructura de directorios y q hacer en caso de necesitar duplicar datos.