Bueno, parece ser que se ha solucionado (espero que sea así).
El problema parece ser que radicaba en el FGMap: por defecto el mapa FG se crea según la opción "Res" (Display Resolved Path). Lo que he hecho ha sido borrar el mapa, hacer un nuevo render región (con las manchas), cambiar la opción del path del mapa a "User" señalarle manualmente el path y sobreescribir el FGMap,... y al hacer un nuevo render region sale sin manchas!
Es curioso y no acabo de entender porque pasa esto ya que tanto la opción del path del FGMap en "User" o "Res" señalaban al mismo sitio. Pero el hecho es que al sobreescribir el mapa manualmente se ha solucionado,..lo cual me recuerda el problema de los paths de algunas imágenes que xsi parce no encontrar en algunas extrañas ocasiones.
Pero bueno parece que ya esta, esperemos que mañana siga funcionando bien.
Salu2 y gracias a todos!