No son bien bien bugs, a mi con la versión 4.2 también me pasa. En el caso del reset de la cabeza la solución es crearle un marking set con los valores de posición y rotación, después creas la pose inicial de nuevo y ya funcionará el reset (por eso digo que no es un bug, simplemente se han olvidado de meter ese marking set). Lo de los up vectors a mi me ha pasado, pero no sé decirte a que se debe, yo creo que podría ser cosa de como colocas el biped guide, yo probaría de ajustar de nuevo los brazos a ver que tal ....