Antes de nada, saludos y bienvenido al foro con tu segundo post.
Y un comentario quiero hacer.
Llevo con dolor de cabeza desde ayer y francamente me ha costado un triunfo leer este, tu post. Puedes usar puntos, además de comas. Construir frases cortas y concisas y separar comentarios en diferentes parrafosfacilita la compresión del lector, especialmente con jaqueca.
Las layers fundamental y basicamente sirven para organizar una escena, a nivel modelado, setups, etc. No sé exactamente como tienes preparada tu escena según tus explicaciones. Tampoco debe influir en el renderizado.
Los passes son separaciones de un render compuesto. Es decir, una imagen puede separarse en passes como RGB, shading, shadow, relfection entre otros passes básicos, y pueden igualmente separase en cada uno de los canales que tengas en un shader, en diferentes objetos y en infinitas combinaciones.
Para componer todos y cada passe que saques se usa un programa de composición. Photoshop no deja de ser un programa de composición, de imagen estatica. Para secuencia existen otros softs de composición de video. Hay muchos; After effects, Digital Fusion, Shake, Combustion... pero mi recomendación es que uses el propio compositor de XSI. Está integrado en el mismo XSI (essentials y advanced) y puedes abrir solo el panel que necesites, pero para empezar mejor abre su layout predefinido desde View > Layouts > Compositing.
En un compositor podrás componer los passes y montar las secuencias para renderizar en .avi o cualquier formato de video.
Para esto último puedes igualmente sacar secuencia en formato .avi desde las opciones de render en la pestaña Create Movie. Del mismo modo también puedes reproducir tanto secuencias de still como videos con la utilidad Flipbook que trae XSI.
Nota. Examina a fondo las opciones del programa y toquitea parametros. Practicamente todo es sencillo de ver que está haciendo al tocarlo. Y para saber a ciencia exacta lo que hace una opción nada mejor que F1, o echar vistazo al manual.